Puente Genil, por su ubicación en el centro geográfico de Andalucía, está bien comunicada con las grandes capitales de la comunidad autónoma. La carretera comarcal C-329 une Puente Genil con la vecina localidad de Aguilar, distante a 16 Km. En este lugar se encuentra el enlace con la Autovía Córdoba-Antequera. Por otro lado, la Autovía A-92 que une Sevilla y Granada y enlaza con la autovía de Málaga está a tan sólo 16 Km. del casco urbano de la Villa, por lo que las comunicaciones con estas ciudades son inmejorables. En cuanto a obras en materia de carreteras se refiere, la Autovía Estepa-Guadix por Alcalá la Real atravesará el término municipal de Puente Genil, uniéndose con las citadas anteriormente, lo que hará que nuestra población sea una de las mejores comunicadas de Andalucía.

Puente Genil, históricamente, es una de las ciudades con una amplia tradición en materia ferroviaria. Debido a su inmejorable situación geográfica, cuenta con una estación de viajeros del tren de Alta Velocidad Española (AVE), así como una segunda estación en la que circulan otros trenes de corto y largo recorrido.

Esta situación hace que Puente Genil se convierta en una de las pocas ciudades que tienen el privilegio de contar con dos estaciones de este importante medio de transporte; todo ello debido a la inmejorable situación de la localidad, como cabeza de comarca natural de muchas poblaciones vecinas, y sobre todo por las posibilidades de desarrollo económico de la zona.

Comunicaciones por carretera

Puente Genil cuenta con una renovada red de comunicaciones que permiten, tanto su conexión con las principales vías europeas como el acercamiento e integración con los núcleos cercanos del entorno. Y ello a pesar de que no discurren carreteras nacionales por su término municipal, aunque sí por los colindantes.Las principales vías de entrada a la ciudad son las siguientes:

• Carretera Autonómica A-309: Da entrada a la ciudad por su parte norte, y es la utilizada por los ciudadanos de Aguilar de la Frontera, Espejo, Fernán-Núñez, Montalbán de Córdoba, Montemayor, Montilla y La Rambla, para acceder a Puente Genil.
• Carretera Autonómica A-340: Futura Autovía Estepa-Guadix (en obras). Posibilita el acercamiento, tanto de municipios pertenecientes al área Norte de influencia, como del área Sur, Al respecto, las poblaciones que recorren esta vía en su desplazamiento a Puente Genil son las siguientes: – Área Norte de influencia: Cabra, Lucena, Monturque y Moriles. – Área Sur de influencia: Aguadulce, Encinas Reales, Estepa, Gilena, Herrera, Lora de Estepa, Marinaleda, Osuna, Pedrera y El Rubio.
  Con la conversión a autovía de esta carretera supondrá un gran salto cualitativo en las comunicaciones en Puente Genil ya que supondrá la conexión directa de Puente Genil con la A-45. Córdoba-Antequera. Nos comunica con el Este de Andalucía por autovía y nos deja en unas condiciones inmejorables a 16 km. de la A-92, a 20 km. de la A-45.
• Carretera Autonómica A-379: Tiene un recorrido de norte a sur por el área de estudio, comunicando con Puente Genil a los habitantes de Santaella, integrada en el área Norte de influencia, y de Benamejí, Casariche, Fuente de Piedra, Palenciana y Roda de Andalucía, todos ellos pertenecientes al área Sur de influencia.
• Carretera Autonómica A-92: Por otro lado la Autovía A-92 que une Sevilla y Granada y enlaza con la autovía de Málaga está a tan sólo 16 Km. del casco urbano de la Villa, por lo que las comunicaciones con estas ciudades son inmejorables.
• Carretera Comarcal CO-9039: Únicamente comunica a Puente Genil con la población de Badolatosa, perteneciente al área Sur de influencia.
• Carretera Comarcal CO-329: La carretera comarcal C-329 une Puente Genil con la vecina localidad de Aguilar, distante a 16 Km, lugar donde se realiza el enlace con la Autovía Córdoba-Antequera.

Comunicaciones ferroviarias

• Red Convencional: En materia ferroviaria, nuestra localidad es históricamente una de las ciudades con más tradición,  conectando Puente Genil con la capital de España (Madrid) con Málaga y el resto de España. Este recurso es especialmente importante para el transporte de mercancías ya que es el medio con más futuro al ser el más ecológico y sostenible y por el enorme volumen de mercancías que puede transportar. Esto lo convierte en la infraestructura más interesante para establecimientos de grandes empresas en nuestra localidad.
• Alta Velocidad (AVE): En diciembre de 2006 fue inaugurada una Estación de Viajeros del tren de Alta Velocidad Española (AVE) en Puente Genil, debido a la inmejorable situación de la Villa como cabeza de comarca natural de muchas localidades vecinas y sobre todo por las posibilidades de desarrollo económico de la zona.
  La llegada a Puente Genil de la Alta Velocidad ferroviaria significa, sin duda, una importante oportunidad de desarrollo para la Ciudad y comarca.
  La nueva estación AVE de Puente Genil, tiene como función prestar servicios de viajeros a la población de una amplia comarca de municipios de las provincias de Córdoba y Sevilla: además de Puente Genil, Herrera, Lucena, Estepa, Pedrera, Osuna, etc…
  Su acceso por carretera se efectúa mediante un enlace diseñado desde la A-340 que conectará con la nueva autovía Estepa-Guadix que pasará a pocos metros.
  Su infraestructura se compone de cuatro vías de ancho internacional (UIC) y dos andenes de 400 metros de longitud y 6 metros de ancho, provistos de marquesinas de estructura metálica de 200 metros.
  La estación dispone junto a su entrada principal de un aparcamiento para vehículos en superficie, con una capacidad de 250 plazas protegidas por marquesinas. A éste equipamiento se unen los habituales de estacionamiento  de autobuses y parada de taxis y una zona destinada a parada momentánea.

Líneas regulares de autobuses

La comunicación mediante autobuses es muy importante en Puente Genil, ya que comunica los siguientes municipios colindantes: Aguilar de la Frontera, Benamejí, Cabra, Carcabuey, Córdoba, El Tejar, Estepa, Fernán Núñez, Granada, Iznájar, Jauja, La Rambla, Linares, Llanos del Don Juan, Lucena, Madrid, Málaga,  Montalbán, Montemayor, Monturque, Moriles, Priego, Rute, Sevilla, Palenciana, Zambra, etc.

La existencia de una nueva estación-apeadero de autobuses ha supuesto dotar de un mejor servicio a los usuarios del transporte por carretera al ofrecer servicios que antes no existían y centralizándose en un único punto todas las líneas de autobuses que recogen pasajeros en Puente Genil. Está situada en pleno casco urbano.