El origen del escudo heráldico de la Villa de Puente Genil hay que situarlo en la segunda mitad del siglo XIX. Hasta el año 1822 la Villa usaba de escudo y sello las armas de la casa de los marqueses de Priego, señores jurisdiccionales de la entonces Villa de la Puente de Don Gonzalo, que se uniría con la vecina Villa o lugar de Miragenil en el año 1834, por Decreto  de la Reina Regente María Cristina con el nombre conjunto para ambas Villas de Puente Genil. El Escudo es de los denominados paisajísticos y su descripción es la siguiente:

En el centro del mismo aparece un puente sobre un río, aludiendo al puente sobre el río Genil, y a ambos lados en las orillas de éste dos grupos de casas que aluden a las dos Villas. Al fondo, sobre un cerro, una torre que representa la atalaya musulmana de Castillo Anzur que domina la localidad. Rodeando la parte superior del escudo una filacteria con la leyenda en latín “QUOD NATURA SEPONIT SOCIALITAS COPULAT“, cuya traducción es "Lo que la naturaleza separa, la sociedad lo une". En la zona inferior los platillos y la balanza de la justicia con sus cadenas, acompañado de un bastón de mando y una espada.

A partir del año 1935 la Asociación Nacional de Productores de Aceite otrogó a Puente Genil, en base a la calidad y premios conseguidos en numerosos certámenes, el titulo de “OPTIMI OLEI EMPORIUM“, (El mejor aceite del Imperio), y se ha venido usando desde esa fecha hasta 1985 aproximadamente en otra filacteria inferior añadida al primitivo escudo.

El autor del mismo debió ser Agustín Pérez de Siles y Prado, notable historiador y notario del siglo XIX ya que en su retrato realizado alrededor de 1860 aparece el escudo en el fondo del mismo coronando una estantería repleta de libros.

Una pintura que se encuentra en el salón de la Alcaldía, representa el escudo, realizado hacia 1870 por el pintor local Juan  Montilla. Estas dos pinturas del siglo XIX, son las únicas que se conservan de este periodo.

Para la realización del símbolo del Ayuntamiento de Puente Genil se ha optado por la esquematización de la imagen que anteriormente lo representaba; es decir, el propio escudo de la Villa. De esta forma se consigue una relación de continuidad con la imagen anterior, fácilmente identificable por los ciudadanos.

De los elementos presentes en el escudo de la Villa, se han eliminado aquellos que por su complejidad simbólica o formal resultasen innecesarios para los fines de un símbolo gráfico, es decir, facilidad de reconocimiento y de reproducción en todo tipo de soportes. Por tanto, es la imagen central, la representación de un paisaje simbólico donde conviven los tres elementos sobre los que se asienta el surgimiento y devenir histórico de la Villa: el río Genil, el puente sobre éste y el castillo Anzur.

Aunque una representación plana, "en alzado", de los elementos hubiese facilitado aún más la reproducción del símbolo, la opción elegida, la ilusión de una perspectiva cónica de dos puntos de fuga, aporta originalidad y dinamismo a la imagen ante la reiterativa abundancia de castillos, puentes y ríos en los símbolos de las corporaciones municipales, derivados mayoritariamente de los escudos locales.

En cuanto al logotipo, la tipografía elegida es la Garamond, de gran elegancia formal y fácilmente legible y que con sus sutiles curvas contrasta con las líneas geométricas del símbolo.

DESCRIPCIÓN: El logotipo representa un paisaje simbólico donde conviven los tres elementos sobre los que se asienta el surgimiento y devenir histórico de la Villa: el río Genil, el puente sobre éste y el castillo Anzur.

Los colores del símbolo son azul PANTONE 284 para el río y el naranja PANTONE 143 para el puente, la montaña y el castillo.

Se han elegido los colores azul y naranja para el símbolo, por ser colores contrastados y muy visibles, además de tratarse de una combinación "neutra" desde el punto de vista de la simbología política.